明治初年 義公（第2代藩主徳川光圀公）・烈公（第9代藩主徳川斉昭公）の徳をしたう多くの人達によって偕楽園内に祠堂（しどう）が創立されました。
明治6年
（1873）		 明治天皇の勅旨をもって『常磐神社（ときわじんじゃ）』の御社号を賜りました。
同年、県社に列格しました。
明治7年
（1874）		 現在地に社殿を造営し、5月12日遷座祭が行われ、この日を例祭と定めました。
義公には「高譲味道根命（たかゆずるうましみちねのみこと）」
烈公には「押健男国之御楯命（おしたけおくにのみたてのみこと）」
の御神号が宣下されました。
明治8年
（1875）		 明治天皇、小梅邸に臨幸、義・烈二公の功業を叡賞あらせられました。
明治15年
（1882）		 別格官幣社に列格しました｡
明治23年
（1890）		 天皇皇后両陛下が水戸に行幸啓あらせられました。
（後の明治天皇･昭憲皇太后）
明治33年
（1900）		 義公に正一位の贈位を賜りました。
明治36年
（1903）		 烈公に正一位の贈位を賜りました。
明治39年
（1906）		 『大日本史』全402巻完成し神前に奉告。
同日、朝廷に進献されました。
明治43年
（1910）		 神社境内に彰考館文庫設けられました。
昭和3年
（1928）		 義公御生誕三百年祭を斎行。
昭和16年
（1941）		 茨城県護国神社の新社殿が桜山に落成し、鎮霊社の遷座祭を斎行。
昭和18年
（1943）		 摂社東湖神社が創建(鎮霊社跡に鎮座)。
昭和20年
（1945）		 戦災によって社殿以下ほとんどすべての建造物が焼失しました｡
昭和25年
（1950）		 4月4日、烈公御生誕百五十年祭を斎行。
昭和26年
（1951）		 敬神婦人会「あおい会」発足。
昭和32年
（1957）		 義烈館開館。
昭和33年
（1958）		 全国の崇敬者からの浄財によって現在の社殿が復興完成。
新殿祭並に遷座祭斎行。東湖神社復興完成。
昭和35年
（1960）		 烈公薨去百年祭を斎行。
昭和40年
（1965）		 12月11日、三木神社鎮座祭斎行 (以後この日を例祭とする)
昭和42年
（1967）		 「大日本史完成之地」の碑竣工、除幕式。
昭和43年
（1968）		 明治維新百年記念祭斎行。
昭和48年
（1973）		 神社創立百年奉祝祭、同日記念植樹を挙行。
昭和52年
（1977）		 神輿奉舁会「磐会（おおいわかい）」発足。
昭和53年
（1978）		 7月11日、義公御生誕三百五十年祭を斎行。
昭和57年
（1982）		 現社務所完成。
昭和59年
（1984）		 第1回水戸学講座開講（以後毎年開講）。
平成2年
（1990）		 新授与所･祈祷控室竣工。
ボーイスカウト水戸第1団育成開始。
平成3年
（1991）		 ガールスカウト茨城県第6団育成開始。
平成4年
（1992）		 11月9日、天皇皇后両陛下幣饌料御奉献奉告祭斎行。
能楽殿 竣工奉告祭斎行。第1回水戸薪能開催。
平成5年
（1993）		 御鎮座120年祭斎行。
平成7年
（1995）		 神饌田復興御田植祭斎行。
平成8年
（1996）		 7月11日、インターネットに『水戸黄門ホームページ』開設。
平成12年
（2000）		 4月4日、烈公御生誕200年祭斎行。
義公薨去300年祭斎行。
平成17年
（2005）		 6月4日、天皇皇后両陛下幣饌料御奉献奉告祭斎行。
平成22年
（2010）		 8月1日、天皇皇后両陛下幣饌料御奉献奉告祭斎行。
平成23年
（2011）		 東日本大震災発生により被災。
平成26年
（2014）		 御鎮座140周年東日本大震災復興記念大祭を斎行。
平成28年
（2016）		 摂社東湖神社戦後復興60年並に震災復興記念大祭を斎行。